Fundusze venture capital, oprócz wielu znaczących zalet, które zostały opisane już wcześniej, nacechowane są również wadami. Warto o nich pamiętać, decydując się na poszukiwanie inwestora w postaci wśród wyżej wymienionych funduszy.
Pierwszą podstawową wadą jest relatywnie długi okres pozyskiwania inwestora. Od momentu kontaktu z venture capital, do jego wejścia do spółki mija zazwyczaj kilka miesięcy, czasem nawet 8 – 10. Okres ten jest więc zdecydowanie dłuższy niż w przypadku ubiegania się o udzielenie kredytu bankowego.
Pamiętać należy także, że fundusze venture capital stanowią bardzo dobrą formę finansowania, ale najczęściej dla przedsięwzięć w początkowym okresie rozwoju. Spółki znajdująca się w fazie ekspansji są w stanie finansować się bez inwestora, przy wykorzystaniu kredytu bankowego oraz osiąganych zysków. Tymi podmiotami zainteresowane są raczej fundusze private equity. Zawsze jednak, bez względu na to czy korzyści z finansowania przez fundusze venture capital przeważają nad jego wadami, to do przedsiębiorcy należy ostateczny wybór rodzaju finansowania.
Istotną wadą, z punktu widzenia niewielkich, rodzinnych firm jest nieunikniona zmiana struktury kapitałowej firmy. Oznacza to nie tylko podział wypracowanego zysku, ale również podział władzy. Inną wadą, którą należy wziąć w tym przypadku pod uwagę, stanowi konieczność poddania się przez osoby sprawujące nadzór nad spółką weryfikacji ich działalności i zewnętrznej kontroli. Może to stanowić istotny element konfliktogenny, szczególnie gdy w projekt zaangażowane są osoby o silnych cechach przywódczych. Stały nadzór nad działalnością danej spółki może być nie do przyjęcia przez takich menadżerów.
Z punktu widzenia przyszłych zysków danego przedsiębiorcy dysponującego innowacyjnym pomysłem, wadę stanowi na pewno fakt, że wniesiony kapitał pracuje nie tylko dla przedsiębiorcy, ale również dla funduszu. Za możliwość korzystania z pieniędzy banku należy oczywiście zapłacić oraz uiścić należne odsetki, jednakże efekty finansowe osiągnięte dzięki zaangażowaniu tego kapitału są zaliczane jako zyski samego przedsiębiorcy.